Die methodische Gestaltung der Lerntherapie geht von den Lernvoraussetzungen des einzelnen Kindes aus. Sie werden in die Förderplanung einbezogen: zum Beispiel in Form von Förderung der Lernmotivation, Konzentrationsfähigkeit, Selbstorganisation. Spezifische Teilleistungen wie bestimmte Fähigkeiten der Wahrnehmungsverarbeitung werden bei der Planung der Lernschritte des Lesens, Schreibens oder Rechnens berücksichtigt. Pädagogisch begründete förderdiagnostische Maßnahmen finden zu Beginn und im Verlauf der Lerntherapie statt. Ziele, Inhalte und Ergebnisse der Lerntherapie werden regelmäßig gemeinsam besprochen.
